Dr. Kenzo Tenma, um neurocirurgião japonês trabalhando na Alemanha, salva a vida de um menino chamado Johan Liebert, que estava gravemente ferido após um tiroteio. No entanto, essa decisão desencadeia uma série de eventos que transformam Johan em um dos assassinos mais perigosos do mundo. A história segue a jornada de Tenma enquanto ele tenta corrigir seu erro e confrontar o "monstro" que ajudou a criar.