Kafka Hibino, um homem de 32 anos, trabalha como “varredor” de kaijus — monstros gigantes que assolam o Japão — mas sonha em se juntar ao Corpo de Defesa. Após um encontro inesperado com um kaiju parasita, Kafka ganha poderes sobre-humanos e decide lutar para proteger a humanidade, ao mesmo tempo em que cumpre promessas de sua infância e enfrenta criaturas cada vez mais perigosas.